マウスを利用するには

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ゲームのウィンドウ右上に「マウス」ボタンの表示があれば、それを押すことでマウス利用が可能になるみたいです。

Alt+BSでも可能。

これを利用すると、マウスがゲーム画面内にのみ限っての利用になり、ウィンドウの外にマウスカーソルを出せなくなります。
ウィンドウの外にマウスカーソルを出せないということはすなわち、Windowsの操作ができなくなります。

Windowsの操作をしながら、ゲーム内でマウス使いたいんだけど

多分それはできない。
マウスゲーやるときはゲームだけに集中しろ、という仕様なのだと思います。

マウスをウィンドウの外に出したい

Alt+BSで利用終了です。

Egg販売のパッケージタイトルも同様です

「ProjectEggのゲームエミュレーターを利用している」
という認識がないかもしれませんが、
【魔導物語 きゅ~きょく大全】
【魔導物語 超きゅ~きょく大全】
に収録されているDiscStationタイトル
「あっぷるそーす」
「わんだふりゃ魔導らんど」
「いもほり」
などはマウスゲーなので、この仕様を知っておく必要があります。